Secara umum, pembelajaran dilakukan dengan kombinasi antara TCL (Teacher Centered Learning), SCL (Student Centered Learning), PBL (Problem Based Learning), dan CBL (Case Based Learning). Dalam metode TCL, dosen menjadi pusat pembelajaran. Kuliah dilaksanakan secara umum dengan ceramah oleh dosen. Pada sebagian besar mata kuliah dasar yang diselenggarakan di semester-semester awal, metode TCL digunakan dalam proses pembelajaran, mengingat bahwa mahasiswa masih dalam proses transisi dari masa pendidikan menengah ke pendidikan tinggi. Akan tetapi, ada kombinasi dengan metode lain seperti tutorial dan diskusi.
Pada metode SCL mahasiswa menjadi pusat pembelajaran, dosen hanya sebagai fasilitator di kelas. Metode SCL diimplementasikan dengan cara diskusi, role plays, presentasi oleh mahasiswa, dan lain-lain. Sedangkan Metode PBL dan CBL dilakukan pada sebagian mata kuliah pilihan pada tingkat lanjut. Pada metode ini, mahasiswa akan diberikan masalah (problem) maupun kasus (case) yang harus diselesaikan berdasarkan pengetahuan yang diperoleh pada mata kuliah tersebut. Beberapa mata kuliah memerlukan adanya praktikum di laboratorium. Praktikum ini menjadi mata kuliah mandiri dengan penilaian terpisah dengan mata kuliah teorinya.
Dalam masa studinya, mahasiswa harus menempuh sekurang-kurangnya 144 sks, termasuk di dalamnya semua mata kuliah wajib yang dipersyaratkan dan penyelesaian tugas akhir. Untuk mata kuliah Seminar, Proposal Skripsi, dan Skripsi, pembelajaran dilaksanakan secara mandiri oleh setiap mahasiswa dengan bimbingan dari dosen pembimbing. Khusus untuk mata kuliah Kuliah Kerja Nyata dan kegiatan MBKM, metode pembelajaran dilaksanakan melalui pembelajaran langsung di tengah masyarakat/industri dan atau institusi lainnya dengan bimbingan dari dosen pembimbing. Selain itu, sesuai dengan Keputusan Rektor UGM Nomor 463/UN1.P/KPT/HUKOR/2019, proses pembelajaran bisa menggunakan metode blended learning, di mana bobot pembelajaran melalui daring diperbolehkan hingga 40% dari total pertemuan.