Proses pembelajaran pada program doktor Ilmu Komputer diselenggarakan melalui: perkuliahan, penyusunan usulan disertasi, penelitian untuk disertasi, presentasi hasil penelitian, penulisan artikel ilmiah untuk publikasi dan penyusunan disertasi. Lama studi Program Doktor paling cepat 6 (enam) semester dan paling lama 10 (sepuluh) semester. Lama studi dihitung sejak terdaftar sebagai Mahasiswa sampai yudisium.
Jumlah SKS matakuliah yang harus diambil oleh mahasiswa ditentukan oleh tim penerimaan mahasiswa baru. Mahasiswa sekurang-kurangnya harus menempuh 12 SKS. Pelaksanaan perkuliahan bisa dalam bentuk klasikal atau independen, tergantung dari jumlah mahasiswa pada suatu matakuliah. Disertasi mempunyai bobot 34 SKS.
Untuk menjamin ketepatan waktu studi mahasiswa maka program studi melakukan evaluasi kemajuan mahasiswa atau monev setiap 4 (empat) bulan, termasuk di dalamnya kegiatan presentasi masing-masing mahasiswa terhadap hasil atau kemajuan penelitiannya.
Guna mendukung penulisan artikel ilmiah untuk publikasi, program studi menyelenggarakan kegiatan pelatihan penulisan karya ilmiah paling tidak 1 kali dalam tahun akademik berjalan.
