Program Magister by Research (berbasis penelitian) Program Studi Magister Kecerdasan Artifisial dapat ditempuh dalam 3 sampai 4 semester. Untuk dapat lulus dan memperoleh gelar M.CS(AI), mahasiswa program berbasis penelitian harus telah menyelesaikan minimal sejumlah 42 SKS yang terdiri dari 9 SKS mata kuliah wajib teori, 2 SKS Proposal Tesis, 1 SKS Seminar Tesis, 6 SKS Tesis, 2 SKS Seminar Hasil Riset Tahap I, 3 SKS Laporan Kemajuan Riset, 10 SKS Publikasi, 3 SKS Seminar Hasil Riset Tahap II, 3 SKS Laporan Tesis dan 3 SKS mata kuliah pilihan. Struktur mata kuliah yang harus diambil setiap semesternya disajikan pada Tabel 5.7. Mahasiswa yang mengikuti Program Magister Kecerdasan Artifisial berbasis penelitian memiliki kesempatan untuk mengikuti program secara terstruktur. Pada Semester 1, mahasiswa dapat mengambil mata kuliah wajib yang terdiri atas 3 mata kuliah teori dan Proposal Tesis. Semester 1 ditujukan untuk memberikan pengetahuan dan teori yang menjadi dasar bagi pelaksanaan penelitian. Pada Semester 2, mahasiswa dapat memfokuskan pada mata kuliah Seminar Hasil Riset Tahap I, Laporan Kemajuan Riset, dan Publikasi. Pada semester 3, mahasiswa dapat mengambil Seminar Hasil Riset Tahap II, Laporan Tesis, Seminar Tesis, dan Tesis. Mata Kuliah Pilihan dapat diambil pada semester manapun sebanyak minimal 3 SKS. Mata kuliah diambil didasarkan pada kebutuhan untuk mendukung secara langsung penelitiannya.